Учёный, основоположник отечественной школы биотехнических систем, лауреат Ленинской и Государственной премий, Заслуженный деятель науки РФ, доктор технических наук, профессор, директор — главный конструктор ГНУ «Научно-исследовательский конструкторско-технологический институт биотехнических систем» Санкт-Петербургского государственного электротехнического университета, инженер-капитан 1 ранга.

Родился 26 марта 1924 года в семье военно-полевого хирурга. В 1938—1939 годах был членом детской спортивной школы Центрального яхт-клуба на Петровской косе в Ленинграде.

В июне 1941 году после окончания Ленинградской военно-морской спецшколы поступил в Высшее военно-морское инженерное училища имени Ф. Э. Дзержинского. В октябре 1941 года был откомандирован на фронт, под Москву, где воевал в составе бригады морской пехоты в должности командира роты разведки. 18 декабря 1941 года представлялся к ордену Красного Знамени за отвагу и мужество при взятии населенного пункта, но награждён не был. В декабрьском бою 1941 года был тяжело ранен. После выписки из госпиталя, в январе 1942 года, был направлен командиром роты разведки на Западный фронт. В мае 1942 года был возвращён в училище. Проходил боевые практики на подводных лодках «Л-4» и «М-32» Черноморского флота.

После окончания училища в октябре 1946 года служил на кораблях Балтийского флота на инженерных должностях. В апреле 1947 года был направлен на Высшие специальные офицерские классы ВМФ, которые окончил в 1948 году.

С 1948 года по май 1968 года занимался научно-исследовательской, конструкторской и военно-организационной деятельностью в области создания новой техники для ВМФ.

В 1955 году поступил в заочную аспирантуру, а в 1958 году защитил кандидатскую диссертацию и начал преподавательскую работу на кафедре автоматики ВЗЭИ. Провёл фундаментальные исследования по распространению электромагнитных полей оптического диапазона в дисперсных средах; предложил и теоретически обосновал методы анализа их состояния в отсутствии и при наличии возмущений; разработал теорию подавления естественных диффузных и искусственно создаваемых помех, что положило начало созданию принципиально новых адаптивных систем автоматического управления для подводных динамических объектов высокой помехоустойчивости. За эти работы, признанные пионерскими, ему в 1959 году была присуждена Ленинская премия.

В 1964 году организовал и возглавил первую в стране научно-исследовательскую лабораторию биомедицинской кибернетики, которая с 1968 года была преобразована в Особое конструкторское бюро биологической и медицинской кибернетики (ОКБ БИМК), а затем — в Научно-исследовательский конструкторско-технологический институт биотехнических систем, директором которого он являлся до конца жизни.

С 1968 года — научный руководитель Океанариума ВМФ. С 1968 года работал по совместительству заведующим кафедрой охраны труда и биомедицинской кибернетики Северо-Западного заочного политехнического института.

В 1971 году защитил докторскую диссертацию, а в 1972 г. получил учёное звание профессора.

Под руководством и при его непосредственном участии выполнены работы по обеспечению космических полётов. Все экипажи космических кораблей, включая международные, с выходом в открытый космос для монтажных и ремонтных работ с 1975 года проходили подготовку в условиях гидроневесомости в гидролаборатории Звездного городка на аппаратуре, созданной в НИКТИ БТС. За большие заслуги в области развития космонавтики был удостоен медали имени академика С. П. Королева, медали им. академика М. В. Келдыша, юбилейной медали Ю. А. Гагарина.

Под руководством была проведена разработка автоматизированных диагностических систем для клинической медицины и профилактических осмотров населения; созданы первые комплексы биомедицинской телеметрии для Республиканской клинической больницы города Баку, в то время не имевшие аналогов в СССР и за рубежом; разработаны биотехнические комплексы с использованием служебных морских животных.

С 1976 по 1992 года заведовал кафедрой биомедицинской электроники и охраны среды в СПб ГЭТУ-ЛЭТИ. В течение 25-х лет являлся бессменным научным руководителем Всесоюзной, а затем Российской ежегодной школы молодых научных работников в области биомедкибернетики и биотехнических систем, которая привлекала к себе внимание научной молодёжи не только России, но и других стран СНГ.

Автор 48 изобретений. Под его руководством выполнено более 30 правительственных научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ.

В последнее время был научным руководителем комплекса фундаментальных исследований по разработке методов синтеза биотехнических систем управления и научным руководителем международной программы «Человек и море». Вёл большую научно-организационную и общественную работу, был избран председателем секции Научного совета РАН по комплексной проблеме «Кибернетика».

Являлся действительным членом Международной инженерной академии, Международной академии информатизации при ООН, Международной академии наук в Нью-Йорке, Академии медико-технических наук России, Санкт-Петербургской инженерной академии, Российской инженерной академии. Был членом попечительского совета Санкт-Петербургского Суворовского военного училища, членом Международного фонда попечителей Московского Государственного Авиационного Технологического Университета им. К. Э. Циолковского.

В честь 300-летия Санкт-Петербурга он стал лауреатом «Золотой книги Санкт-Петербурга». В 2004 году труд В. М. Ахутина был отмечен золотой медалью Международной академии информатизации при ООН.

Награжден двумя орденами Красной Звезды, орденом Отечественной войны I степени, орденом Почёта, орденом Дружбы, медалями.

Умер 9 ноября 2005 года. Похоронен на Троекуровском кладбищев городе Пушкино.